Ротовая полость человека является одной из наиболее динамичных сред обитания для множества видов бактерий, где они подвергаются интенсивной межвидовой конкуренции за формирование многовидовой структуры биопленки. Различные виды рода Streptococcus, Lactobacillus, Lactococcus, Enterococcus, Staphylococcus, Corynebacterium, Veillonella и Bacteroids являются основными бактериями, обычно обнаруживаемыми в полости рта. Streptococcus и Enterococcus являются двумя важными группами бактерий, поскольку они могут перемещаться и менять свою концентрацию. Это зависит от состояния полезной микрофлоры на поверхности ротовой полости и ротоглотки. Большинство стрептококков ротовой полости являются грамположительными факультативными анаэробами, демонстрирующими высокоэффективные стратегии выживания, такие как способность прикрепляться к твердым и мягким тканям, формирование биопленки и способность справляться с быстро меняющейся бактериальной средой в ротовой полости. К заболеваниям, вызываемым бактериями полости рта, относятся кариес, пародонтит, эндокардит, фарингит. Кариес представляет собой микробные поражения, вызывающие повреждение зубов. Со временем поражение может прорасти через внешний слой эмали и заразить дентин или пульпу. Если не лечить кариес зубов, инфекция может превратиться в абсцесс, который распространяется на более глубокие ткани или в кровоток. Помимо повреждения самих зубов, окружающие структуры также могут быть поражены микробами. Заболевания пародонта являются результатом инфекций, которые приводят к воспалению и повреждению тканей в деснах. Существует ряд других инфекций, которые могут проявляться в полости рта, например, оральный герпес и вирусный паротит (инфекция околоушных желез). С помощью данного теста проводятся также диагностика кандидоза полости рта и тестирование противогрибковой чувствительности. Мазок из полости рта иногда назначается и для диагностики ИППП: хламидии, гонококки, трихомонады, вируса папилломы человека, бледной трепонемы. Для диагностики респираторных заболеваний, ангины, менингита, пневмонии, COVID-19 мазок со слизистой ротовой полости не подходит; для этого назначается мазок из ротоглотки и носоглотки.