Инфекции мочеполовой системы делятся на две основные категории: инфекции, вызываемые патогенными микроорганизмами, передаваемыми половым путем, и инфекции, вызываемые представителями местной флоры. Нормальная микрофлора влагалища включает лактобациллы, коринебактерии, грамотрицательные палочки, энтерококки, альфа- и гамма-стрептококки, стафилококки, энтеробактерии. Мужская уретра содержит организмы, обнаруживаемые на коже, такие как: стафилококки, микрококки, коринебактерии, альфа- и гамма-стрептококки. Возбудители, передающиеся половым путем, включают одноклеточные микроорганизмы (Trichomonas vaginalis), бактерии (Treponema pallidum, Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis, Haemophilus ducreyi) и вирусы (вирус простого герпеса, вирус папилломы человека, вирус иммунодефицита человека). Генитальные инфекции, вызванные грибком Candida albicans или представителями эндогенной бактериальной флоры (Bacteroides fragilis и члены семейства Enterobacteriaceae), не передаются половым путем. Бактериальный вагиноз возникает при нарушении баланса влагалищной флоры. Получение мазка или соскоба МПО представляет собой сравнительно простую процедуру, которая иногда может вызвать небольшой дискомфорт. При взятии биоматериала из уретры врач вводит тонкий зонд и делает несколько вращений. Мазки из шейки матки и влагалища берутся с помощью гинекологического зеркала и специального шпателя.